Japon balığı hastalıkları, diğer balık türlerinde görülen hastalıklarla hemen hemen aynıdır. Japon balık yetiştiricilerin dikkat etmesi gereken ve hastalıklara sebep olan en önemli husus doğru yemleme ve su ısısıdır. Akvaryum yahut üretim için tanklarda yetiştirilen balıkların hastalıkları gözlemlenip uygun tedaviler uygulanmalıdır.
Bazı hastalıklar gözlemleme ve pratik yöntemlerle tedavi edilirken, diğer hastalıklar için ilaç tedavisi gerekmektedir. Uygun ilaç ve uygulama bilgisi için uzmanlardan yardım alınması doğru olacaktır.