Patojen bakteri, hastalığa sebep olan ve sıklıkla salgın hastalıkların sorumluları olan bakterilerdir. Örneğin en korkulan hastalıklardan biri olan verem, patojen bakterilerin yol açtığı hastalıklardan biridir.
Aslında çoğu bakteri zararsız, hatta yararlıdır. Ancak -4 derece ile 60 derece sıcaklıklarında üreyebilen, patojen bakteri özelliği taşıyan zararlı bakteriler, gıdaların tadını veya kokusunu değiştirmedikleri için, sıklıkla ve kolaylıkla gıda yolu ile alınabilmektedirler. Üstelik hastalık yapma özelliğine sahip olan bakteri sporları, soğutma ve pişirme gibi birçok işleme tabi tutulduklarında bile ölmediklerinden, üremeye devam ederek pek çok kişiye ulaşabilmektedirler.
